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- 【单细胞测序】如何看单细胞基因表达图? - 知乎
单细胞测序现在已经是比较热门的研究方法了。如果能物尽其用,通过单细胞测序能挖掘出很多有意思的结果。 首先,他们进行了单细胞测序的分析。下面的UMAP图就是单细胞测序的结果,通过不同的基因表达作为多维的主成分分析,并进行降维处理形成了这样的2D图形。UMAP图和t-SNE图其实都差不多
- 单细胞测序技术的原理是什么? - 知乎
这些cDNA分子,携带着细胞的基因表达信息,将被送往测序平台,揭示细胞的遗传蓝图。 这一系列步骤的精心设计和执行,确保了10x Genomics平台在单细胞测序中的高效率和高准确性,为科研人员提供了深入探索细胞异质性的有力工具。
- 单细胞测序的barcodes、feature、matrix数据有什么区别?分别用在什么地方? - 知乎
细胞归属划分:将测序得到的序列(reads)按 barcode 归类到对应细胞,实现单细胞水平的数据拆分。 例如,10x Genomics 数据中,barcode 信息存储在 barcodes tsv 文件中,用于区分不同细胞的测序结果。
- 能不能简要说明什么是单细胞RNA测序技术? - 知乎
4)基因扩增和测序准备:使用PCR扩增对cDNA进行增强,添加适配器序列,为测序准备样品。 5)高通量测序:将每个单个细胞的cDNA样本进行高通量测序。 6)数据分析:对测序数据进行处理和分析,包括基因表达量的计算、细胞类型鉴定、细胞亚群的聚类分析等。
- 什么是单细胞RNA测序? - 知乎
四、单细胞 RNA 测序技术联合其他单细胞组学技术的研究进展 单细胞技术已从scRNA-seq拓展至基因组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学以及空间转录组学等多个领域。
- 【单细胞测序】如何用marker基因降维图做细胞类型鉴定? - 知乎
在单细胞测序分析里,用marker基因在降维图上给细胞“贴标签”(鉴定类型)是个很关键的步骤。 其实原理不复杂,就是靠已知的细胞特征基因,在UMAP或t-SNE这些降维图上找到对应的细胞群。
- 【单细胞测序】如何做单细胞差异分析? - 知乎
拿到单细胞测序原始数据后,先通过Cell Ranger这类工具进行比对、定量,得到表达矩阵。 这一步要重点过滤低质量细胞,比如去掉线粒体基因占比过高(一般超过20%)、检测到的基因数太少或太多的细胞,避免这些“噪音”影响后续分析。
- 什么是单细胞转录组学测序技术? - 知乎
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱,旨在揭示单个细胞内的基因表达水平,了解细胞异质性和功能多样性。
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