【至急】Rに関する個人的な質問になります - Google Groups GUI版のRであれば環境設定から、起動のパネル、デフォルトのCRANミラーにおいて「0-Cloud (https)」を選択するのが良いかと思います。 Macでの設定方法ですので、設定方法にWindowsで違いがある場合、申し訳ありません。
レイヤーのずれ - Google Groups ただし、 EPSG に登録されている JGD2011 の定義に towgs84 がないため、 Tokyo と JGD2011 の相互変換が うまくいかない問題は存在します。 （福岡さんが提示していただいている過去ログ参照）
集水域の作成ができません - Google Groups ラスタの標高データに、プロセシング－ツールボックス－ラスタから「r watershed」を選択、適用して、排水方向、半流域、河川等のラスタを出力しました。その後、排水方向のラスタに「r water outlet」を適用して、集水域の作成を試みました。