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- GitHub - ablab spades: SPAdes Genome Assembler
SPAdes is a versatile toolkit designed for assembly and analysis of sequencing data SPAdes is primarily developed for Illumina sequencing data, but can be used for IonTorrent as well Most of SPAdes pipelines support hybrid mode, i e allow using long reads (PacBio and Oxford Nanopore) as a supplementary data
- SPAdes安装及使用教程——基因组数据组装神器 - 知乎
SPAdes（St Petersburg genome assembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。 此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。 meta…
- SPAdes Assembly Toolkit - GitHub Pages
SPAdes package provides pipelines for DNA assembly of isolates and single-cell bacteria, as well as of metagenomic and transcriptomic data Additional modes allow to recover bacterial plasmids and RNA viruses, perform HMM-guided assembly and more
- 使用 SPAdes 进行基因组组装 | Public Library of Bioinformatics
SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。 输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sanger reads，也可以把一些 contigs 序列作为 long reads 进行输入。
- SPAdes 基因组组装工具使用教程 - CSDN博客
SPAdes 的配置文件主要包括 mkdocs yml 和 spades_compile sh。 配置文件介绍 mkdocs yml: 这是 MkDocs 的配置文件，用于生成项目的文档。 它定义了文档的结构、主题和其他相关设置。 site_name: SPAdes Documentation nav: - Home: index md - User Guide: user_guide md - API Reference: api_reference md
- 测序组装软件--SPAdes安装和使用 - 知乎
SPAdes（St Petersburg genome assembler）是用于基因组组装的开源软件工具, 支持从高通量测序数据中组装细菌、古菌和病毒的基因组, 动植物组装不建议使用 主要用于illumina，IonTorrent reads的组装 以linux系…
- 用SPAdes对Illumina二代测序数据进行基因组预组装 | 生信技工
SPAdes (St Petersburg genome assembler) 是2012年首次开发的一个多功能工具包，用于组装和分析测序数据，并包括校错功能。 SPAdes 主要针对 Illumina 测序数据开发，但也可用于 IonTorrent。 大多数 SPAdes 管道都支持二代三代reads混合组装，即允许使用长读数（PacBio 和 Oxford Nanopore）作为补充数据。 此外，SPAdes软件包还包括辅助工具，用于高效的k-mer计数和基于k-mer的读数过滤、组装图构建和简化、序列到图的比对以及元基因组分选细化。 -m int：设定内存的限制，单位为 Gb。 如果程序使用的内存达到此值，则程序会终止运行。 默认值是 250 。
- Installation - SPAdes Assembly Toolkit - GitHub Pages
SPAdes requires a 64-bit Linux system or Mac OS and Python (3 8 or higher) to be pre-installed on it To obtain SPAdes you can either download binaries or download source code and compile it yourself
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