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- 保姆级KEGG数据库教程!医学人如何入门KEGG?信号通路分析必学功能有哪些?不需要掌握的有哪些?
KEGG有别于其他数据库的一个显著特点就是具有强大的图形功能,它利用直观图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系,简单明了。但初见KEGG也不是这么好用的,因为日本人清奇的脑回路,很 (sang)贴 (xin)心 (bin)的 (kuang)在网站里放了16个子数据库。
- 为啥目标基因在kegg富集分析时,没有kegg pathway通路,只有kegg brite中的一个? - 知乎
在进行KEGG富集分析时,如果发现目标基因只富集到了KEGG BRITE分类而不是经典的KEGG pathway,这可能意味着以下几种情况: 1 数据特异性: 你的基因集可能富含一些较为新颖或特定生物学功能的基因,这些功能可能还未被详细归纳到传统的KEGG pathway中,而是更多体现在KEGG BRITE分类里。KEGG BRITE是一个
- 单细胞测序中GO、KEGG、GSEA 分析三个高级分析有什么区别? - 知乎
单细胞测序中GO、KEGG、GSEA分析是三种常用的高级分析方法,它们各有特点和应用场景,以下是它们的主要区别: GO分析 1 定义与目的: Gene Ontology(GO)是一个国际标准化的基因功能分类系统,旨在对基因和蛋白质的功能进行限定和描述。
- 求go kegg富集分析可视化网站 或者方法? - 知乎
工具链接:biit cs ut ee gprofiler 04、Metascape Metasacape集基因注释、功能富集分析、蛋白质互作分析于一体,支持包括Symbol、RefSeq、Ensembl、UniPro和UCSC在内的5种Gene ID类型,可以分析人类在内的多个物种的数据。Metasacape网站整合了GO、KEGG、Uniprot等多个权威的功能数据库,每月更新一次,保证了数据的可靠性。
- KEGG 怎么用? - 知乎
9 KEGG NETWORK 这部分和上面的KEGG DISEASE比较像,它是KEGG尝试从扰乱的分子网络中获取有关疾病和药物的信息。 这部分主要包含了癌症、内分泌和代谢性疾病、病毒和细菌感染三部分内容。 10 KEGG DRUG 这部分包含的药物为在日本和美国上市的药物。
- kegg气泡图能看出通路是上调还是下调吗? - 知乎
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)气泡图通常用于展示基因在不同通路中的富集情况。 通过观察气泡的颜色和大小,可以了解哪些通路显著富集了目标基因。 颜色:表示p值的负对数(-log10(p-value))。
- GO和KEGG分析怎么筛选自己想要的基因啊? - 知乎
GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是常用的基因功能注释和通路分析工具。 如果想筛选自己想要的基因进行GO和KEGG分析,可以按照以下步骤进行: 获取基因列表:从文献、数据库或实验中获取感兴趣的基因列表。
- 网络药理学怎么查kegg通路富集结果与疾病是否相关? - 知乎
直观来说的话,需要找到物质靶点相关的 KEGG通路 富集的通路具体有哪一些,同时找到疾病靶点相关的KEGG富集通路有哪一些,对这两种进行交集分析,看是否具有交集,然后对交集通路进行研究,看物质具体是哪一些靶点具有这样的功能。当然这些都是基于 生物信息学 分析方式得到的结果,具体要
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